El primer aeropuerto con el que contó la ciudad de Santo Domingo fue el Aeropuerto General Andrews, el mismo estaba ubicado a escasos kilómetros de lo que en aquel entonces era el centro de la ciudad (donde hoy funciona el Centro Olímpico Juan Pablo Duarte), ocasionando un problema de seguridad. En la década de 1950 Rafael Leónidas Trujillo buscó la ayuda de urbanistas italianos y franceses y comenzó la construcción de un nuevo, gigastesco y moderno Aeropuerto a las afueras de la ciudad de Santo Domingo. La construcción de la misma a principios de la década del 50 se originó por la caída de un avión carguero en el farallón al norte de la avenida Pedro Henríquez Ureña en el patio de la residencia de Marina Trujillo, entre la Ave. Tiradentes y la Abraham Lincoln.

En 1955, el generalísimo Trujillo ordenó oficialmente la construcción de un nuevo aeropuerto situado en la península de Punta Caucedo, a varios kilómetros al este de la ciudad. La construcción de la actual terminal se inició en 1956 y su puesta en servicio fue en 1958, siendo inaugurada oficialmente el 10 de noviembre de 1959.

Mediante el Decreto 5311 de 1959, se denominó a la terminal con el nombre de "Aeropuerto Internacional de Punta Caucedo"; posteriormente 10 días después el nombre fue cambiado por el de "Aeropuerto Internacional General Trujillo", en homenaje al Generalísimo.

El 25 de noviembre de 1961, tras la muerte del Benefactor de la Patria el aeropuerto volvió a su nombre original. Pan American World Airways fue la primera aerolínea internacional para establecer vuelos regulares a Santo Domingo.